和明中叶以前的税收制度相比，一条鞭法并没有改变赋税的总额，或至少目的不在于此。类似一条鞭法的“并税制”改革是一个典型的零和博弈，它仅仅改变了赋税征收的方式，尽管在短期内有“向来丛弊为之一清”的政绩效果，但却并未实际上改变纳税人的税负承担。“即便采用一条鞭法，许多县的税单仍然保留着各种各样的条目以及混乱的税率，只是每个单个的土地所有者的赋税总额合并了而已。”特别是由于朝廷不断加派苛捐杂税，“条鞭既并杂范而征之矣。故原编存留，所以免杂泛之役。今皆裁作正赋起运，则杂泛不得不更派。是故，征愈急则银愈贵；银愈贵则谷愈贱；谷愈贱则农愈困；农愈困则田愈轻。田者民之所依，国之所宝也。而积轻之势，至有弃如敝屣者，有视如毒螫者”
在封建社会的自然经济条件下，“农”为邦本，“耕读为上”是核心价值观。费正清研究指出：“人口的密集使精耕细作成为必要并给它提供条件。这种经济一旦建立，就凭着其惯性继续发展。”不论是大地主，还是小佃户，无不以土地和农桑为安身立命之本、养家糊口之源。然而，在不堪重负之下，往日的良田沃土成了如今的“敝屣”“毒螫”，地主抛弃田产，农民逃离家园，“邦本”尽失，国将不国。
传统中国的税法和税改，其目的在于维护既存的统治秩序，最吃紧的任务是维持社会安定。而在中国自成一体的农业帝国体制和集权国家形态下，国家治税权无可争议地归属于皇帝，虽然有官僚集团的牵制，但税率、税种的变更任由皇帝一人恣肆而为，具有与英国税权归属议会明显不同的“强权收入”特征。然而，这种“集权治税”帝国仍不免有两方面积弊：一是“新法速朽”问题，即由于传统国家从未将社会发展作为国家的任务，自然法律的目的也并非促进社会之发展，往往出现极为常见的“法久则弊”现象。类似一条鞭法这样的税改新法在颁行之始，或许可以起到缓解社会危机的作用，但时间一长，就自然地产生了各种弊病，背离了立法者的初衷，失去了法律的应有效力。
这就是明末清初的重要思想家黄宗羲在《明夷待访录·田制三》中指出的税制“三害”：斯民之苦暴税久矣，有积累莫返之害，有所税非所出之害，有田土无等第之害。
“三害说”是指历代赋税每改革一次，税就加重一次，而且一次比一次重；农民种粮食却要等生产的产品卖了之后用货币交税，中间受商人的一层剥削；不分土地好坏都统一征税。由于赋税沉重，明中叶以来出现了十分严重的流民现象。
所谓“流民”，就是无产无业的流亡人口，主要是由破产农民、失业手工工人及逃兵等组成。明朝中叶的流民潮来势之猛，范围之大，均属空前。全国13个省是无省不有大量流民，北直隶、南直隶、山东、山西、河南、浙江、福建、湖广、云南等地尤为严重。据明朝的官方统计，开国一二百年之后的全国户籍人口反倒出现了大幅度“负增长”现象，朝廷的官员不禁发出“国初户口宜少而多，承平时户口宜多而少，何也”之疑问。
事实上，在明代科学家徐光启关于“夫三十年为一世”的人口自然增殖理论，并非是国家人口真的减少了，而是大量人口因不堪重赋苛政而逃亡，成了不在户籍之上的“黑人”明朝的最高统治者对此现象并不讳言：“户口之盛衰，足见国之治忽。其盛也，本于休养生息，其衰也必由土木兵戎。”然而，尽管明多方着力试图安置解决流民问题，甚至不惜动用武力，无奈国家的财富分配和赋税结构已然“定格”，处于重压之下的黎庶小民只能为了苟活而此起彼伏地踏上流亡之路。
于是，大江南北的佃户斗争势如洪水而起。苏州等地的佃户甚至成千上万人相约“勿得输租业主，业主有征索，必沉其舟毙其人”由地租而引发的强势地主和弱势佃户的矛盾冲突，成为晚明社会的又一座“活火山口”而这些“沉舟毙人”的佃户有着浓厚的“仇富、仇官”情节，不但屡屡成为抗租、罢市、闹衙等社会的参与者，而且还充当了起义和李自成、张献忠等农民起义的生力军。
可以说，守土劳作、“税自所出”的佃户原本是帝国赋税体系的脆弱草根，当“民困财竭，一遇大荒，流移过半”，连他们也加入到流民行列，那么，大明王朝几乎等同于被“连根拔起”、飘摇无期。再加上万历矿税之害，那些穷凶极恶的矿监、税使所到之处，“如沸鼎同煎，无一片安乐之地，贫富尽倾，农商交困。流离迁徙，卖子抛妻”“流民社会”的形成，一方面破坏了国家的正常赋税基础，另一方面又给社会稳定造成极大的不确定风险，为最终酿成明末大起义埋下了伏笔，也成为王朝衰败的明显征兆。
当代学者们依据黄宗羲的观点而总结出了“税久则弊”的“黄宗羲定律”：历史上的税费改革不止一次，但每次税费改革后，由于当时社会政治环境的局限性，农民负担在下降一段时间后又涨到一个比改革前更高的水平，即黄宗羲所称之“积累莫返之害”实际上，国家的税收不降反增，国家的税源亦压缩到弱势群体身上，由于“富家隐藏逃户，辟地多而纳粮少，故积有余财而愈富；贫家地少而差役繁，故典卖田宅，产去税存而愈贫”，造成了“穷人替富人缴税”“越富越少缴税”的恶性循环。而衰败的国家和朝廷一方面是熟视无睹，另一方面在自上而下的怠政黑洞中也已无力回天。“帝国的整个财政机构太过陈旧，难以应付由全国性的紧急情况所引发的种种问题。”而且，由于皇帝是行政者、立法者、执法者的结合体，也是制税权、司税权的源头，一旦皇权的专制性和掠夺欲突破了赋税极限，则将重复“农民起义——统治初期轻徭薄赋——财政大为好转——国家经济繁盛——统治者骄奢贪逸——财政危机出现——苛捐杂税繁重——农民起义爆发”的发展模式。最终，税政之弊导致了民生之艰，民生之艰引发天下大乱，这是帝制衰亡和官治衰败的一个基本规律。
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