远古“三皇五帝”，不乏出生之谜：相传，地皇神农之母游华阳，见神龙首，感孕而生炎帝；黄帝之母附宝见雷鞭绕斗，感孕而生黄帝；颛顼之母昌仆，见北辰如蜺贯月，感孕而生颛顼；帝舜之母握登，见长虹贯天，感孕而生帝舜……大禹非“皇”非“帝”，但毕竟接踵而“生”，故仍多迷。
母生说据《帝王纪》，禹母修己夜见流星入二十八宿之昴，吞神珠薏苡，胸腹裂而生禹。
父生说民间传说，禹父鲧治水“功用不成”，被舜放逐羽山而死。其尸不朽，“月亮圆过三十六回”时，腹裂而生禹。
石生说《淮南子·脩务训》云：“禹生于石。”《史记·六国年表》亦曰“禹生于石纽”石纽或为地名，亦谓“双石打结”是说禹生于“打结”灵石。
三说皆多神话色彩。拭去表层附丽，不难窥见其依稀的时代内涵：“母生说”尚且残存母系氏族意识；“父生说”已流露父系氏族的阳刚之风，子承父业，世代相传；“石生说”则显然源于远古“灵石信仰”
“禹卒之谜”同样不少，也值得考究。诸如：老卒任中诸多史籍都说：禹东巡狩，崩于会稽。《帝王世纪》曰，其时，禹已“年百岁也”大禹鞠躬尽瘁，死而后已。“百岁”病弱老者，能远足“巡狩”吗？无须担心。查远古帝王，不乏超高龄卒任者。禅让大禹于天下的帝舜，不就虚岁一百卒于任中。
卒而为神《淮南子·汜论训》云：“禹劳力于天下，死而为社。”说禹死后成了“社神”，即守护大地的“后土”
卒而化熊《绎史》引《隋巢子》曰：“禹治洪水，通轘辕山，化为熊，涂山氏见之，惭而去，至崇高山下，化为石，禹曰归我子，石破北方而生启。”据传，禹父鲧卒化熊；此说兼道禹卒、启生之谜。禹氏祖孙可谓逐“谜”相承。
绍兴会稽山上，传有禹穴。其禹陵碑亭之南，有禹穴亭和禹穴辨亭，乃前人考辨禹的墓穴之处。相传，禹穴至少四处：四川北川禹穴，禹降生处也；浙江绍兴禹穴，禹藏身处也；湖南衡山禹穴，禹藏书处也；陕西石泉禹穴，禹憩息处也。然，究竟禹穴何也？确在何处？谜仍难解。
另，绍兴禹陵尚有“窆石”之谜。此石乃秤锤形石柱，高2.60米，色莹然微红，定凿一小孔，传为禹下葬时所用“落棺石”所传虚实，仍存谜难辨。