巴黎作战开篇的巴黎战役wille夺回了nerv的欧洲部，在又一次损失了巴黎铁塔之后，二号机和八号机的零件可以修复了。
三日村的生活虽然第三次冲击之后并没有将人类完全灭绝，但基本上幸存的人类的生活，退回到在第二次工业革命前后的水平了。接上部剧场版《Q》剧情，绫波丽，真嗣来到了三号村。一个千人左右的村庄，每个人通过的劳动获得相应的食物配给。在新技术的帮助下，人们从被污染的大地上短暂谋得了一块立锥之地，然而在净化器的外面，既然是被猩红色覆盖的地表和无数eva的残片。
(到处都遗留着旧世界痕迹的三号村）作为绫波丽的克隆体，她的形象和绫波丽一般无二，但是她却开始探知自己，学习人们日常生活中的点点滴滴。
在最后一次见到逐渐敞开心扉的真嗣的时候，真嗣并没有给绫波丽三号一个新的名字，“果然还是绫波丽吧”，于是绫波丽三号将随身听再次递给真嗣手中。随着真嗣的接受，绫波丽三号的黑色战斗服逐渐变成白色后自爆成为了lcl。
真嗣虽然再次面对“亲人”在面前的死亡，而这次他走出了关键的一步：与自己和解。
在接过了绫波丽给的随身听之时，象征着真嗣接受了过去发生的事实，而当里美的舰队决定攻打NERV的总部来接时，真嗣紧握着随身听，请求一同上舰。在决战之前，知道此行的意义，28岁的她向14岁的真嗣说，我喜欢过你，感谢你做的好吃的料理。当口中的バカ真嗣(真嗣）变成了ガキ虽然面对的14年前同样的真嗣，但此时非彼时。能够坦诚说出喜欢，才是真的放下了。
大河作战攻打nerv的场面略过。主要剧情为Wunder战舰攻打NERV总部遭到成千量产机拦截，和真希波驾驶EVA反击。并且让摧毁进行仪式必须的十三号机，但是失败了。
真希波载着真嗣进入负宇宙，他们的目标是在人类“净化”前摧毁13号机，中断仪式。残留在初号机的绫波丽呼唤真嗣，将其从改8号机传送到初号机内。
真嗣驾驶初号机，司令则进入了13号机。两人以13号机和初号机展开激烈对决。不过打到一半的时候，碇真嗣也开始了嘴炮模式，可以说是将父亲的良知成功唤醒。无论内心的壁垒和脸皮有多厚，面对主动和解的真嗣，碇源堂还是在补完的过程中向自己的孩子敞开了心扉，说起了自己的曾经。
美里牺牲自己，将Wunder战舰撞向NERV，新长矛盖乌斯诞生，寄托着人类的意志与希望。真希波将长矛给了真嗣。
最后，父子两人和解，司令独自一人离开了。
她的衣服有一些破破烂烂，总体是旧居场版的衣服的配置。最关键的一句是真嗣对着说：“谢谢你喜欢过我，我也喜欢过你。”然后真嗣与她告白，并把由13号机的驾驶舱扯了出来，弹回了第三村剑介的房子外。
虽然依旧带着一丝遗憾，但是这句迟到多年的表白也算对很多粉丝情感上的补完了。对来说，自己一直喜欢的男孩终于可以像一个男人那样主动站出来拯救这个世界并且拯救自己，夫复何求。
渚薫：到了他的时候画面出现了所有版本里真嗣和渚薫见面的几个地方以及旧版渚薫一开始出现的那个地方。然后渚薫说了“我一次又一次的遇见了你，一次又一次的没能成功给你幸福”之类的话。在见证了真嗣的成长后，渚薫终于明白了，互相成就才是幸福的真谛，他获得了解脱。
绫波丽绫波丽曾为了真嗣不那么痛苦的驾驶EVA，不惜赴汤蹈火，牺牲自己。真嗣告诉绫波丽，你就是你，你就是绫波丽，你要活出自己的人生。绫波丽由长发变成熟悉的短发，然后两人握手道谢。
与所有人告别后，真嗣打算牺牲自己，决心将枪贯穿初号机和13号机，用父亲和自己的死结束补完，还给人间新世界。
但是关键时刻，唯终于从初号机内将真嗣推了出去，随着初号机手中枪的深入，碇源堂终于在死的一刻完成了夙愿，和唯一同死了。
与此同时，所有EVA也一同消失了。
さようなら、すべてのエヴァンゲリオン从碇真嗣的自我和解变成了父与子的对话，儿子带着父亲一起和解。碇源堂对碇真嗣说“你已经长大成人了”让人感动落泪。真嗣终于从自卑，偏激的少年，长成了可以接受他人想法的温柔大人。
当然，碇真嗣终会长成大人，在破碎的现实与精神困境里蜕变，但对观众来说，他也一直都是那个努力对自己和他人保持真诚的少年。
最后，在破除了EVA的诅咒后，众人纷纷从身体上也成长为成年人。在车站的那边，熏和凌波丽搭上了同一班电车。穿着サラリーマン装的真嗣在车站的这边，被真希波摘掉了项圈，二人从车站走出了二次元世界，影片结束。
动画最后也解释了，这部20多年来被叫做《新世纪福音战士》的动画为何叫“新世纪”
没有EVA的新世界，视为“新世纪”，也正是最后一战后碇真嗣所拯救的世界。
在剧场版《终》，作品不再仅仅描述人物内心的挣扎，而是挣扎后最终的与自己和世界的妥协。丽获得了自我，开启属于自己的人生；香经历了成长，或许即将与真嗣在新世界再续前缘；司令成功和老婆重逢；薰目睹了轮回的终结和真嗣获得幸福；真嗣学会了直面现实世界，直面苦痛和离别，不再依赖他人。庵野痞子已经不是当年那个失意小青年，他已经是一个成熟的成年人了，eva的思想也从反映激进的青年思想转为老生常谈的亲情和爱，从悲剧收尾到皆大欢喜。
最后的最后再提一下结尾部分，这次争议比较大的就是真希波和真嗣手拉手跑出车站的部分。
真希波，全名为真希波·玛丽·伊兰崔亚斯，是在：破中首次登场的角色真希波空降时撞到真嗣，真嗣的随身听掉在第上，真希波将其捡起交给真嗣。
那么随身听到底代表着什么呢？
在《终》中，它的原主人碇源堂在熟悉的黄昏地铁上进行了直接的回答：“耳机把我和外界隔绝开来，保护我免受他人的噪音干扰，帮我伪装出冷漠的外表。”司令从本质上就是没有成长的真嗣，他眼中随身听的含义实质上也就是真嗣在真正成长前眼中的随身听，这个答案也和真嗣与白丽的地铁对话中真嗣的答案几乎一致。换句话说，随身听就是真嗣逃避世界的具象化体现。
真希波一“降临”便直接将真嗣正在听的随身听从手中撞飞，而其他角色都只是简单将被真嗣扔掉或给予的随身听还给他，两者之间最大的区别在于真希波强行打破了真嗣自身的节奏，一出场便把他从自我营造的封闭世界中捞了出来，现在看来也不失为对《终》的一种预言。
另外一点值得注意的是，真希波出现前真嗣的磁带一直是到26，应该是26首歌或是26段音乐。在她将随身听还给真嗣后的下一个镜头就给了随身听切换磁带正反面的特写，但这次却是从26转到了27，似乎真嗣自己的内在世界也不可逆地改变了一样。打坏了的磁带盒犹如打破真嗣原有的躲避之壳。旧的循环已经被打破，新的开始已经悄悄蔓延。
对于真希波和真嗣牵手的画面。我觉得在这个画面中，真希波的象征意义更大一些。真希波宛如真实世界的指引，犹如她重要的台词是“不管在哪都回来接他”这句话。当两人走出车站后画面渐渐过渡到真实世界取景。
这部里的碇真嗣，在劝告着过去的自己，每一句话都是内心想说的话。站台对面的，绫波丽随着列车缓缓远去，或许再某一刻将与真嗣再度相遇。
所以阿宅们，脱宅吧。不管是开完了高达还是EVA，都要去生活去工作，和这个不完美的世界和解吧，去真实的世界里去疯去爱去战斗吧！