乱世婴儿1367年旧历年底，朱元璋准备转过年头就要正式登极做皇帝了，看到自己已经有了7个儿子，自然是满心高兴。这时形势已经粗安，他决心要为儿子们正式取名了。十二月二十四日。他祭告太庙，把自己渡江后生了7个儿子归因于祖上的阴德：仰承先德，自举兵以来，渡江生子七人。今长子命名曰标，……曰棣。这时朱棣已经7周岁，他这才和众兄弟一样有了自己的名字。
朱棣的生母是谁，居然还是个谜，这在常人看来似乎不可思议。但这个谜确实存在，数百年来一直扑朔迷离。因为朱棣的生母问题，不只是关系到他的身世，而且深刻地影响到他一生的行为。古代正妻生的儿子称嫡子，非正妻生的儿子称庶子。正妻被称为嫡母，其他的妾被称为庶母。对帝王家来说，嫡子和庶子在名份上有重大差别。按照封建宗法制度，皇帝死了，皇位要由嫡长子继承。即使嫡长子死得早，如果嫡长子有儿子，也要由嫡长子的嫡长子来继承，其他庶子则不得觊觎。
朱棣自称是马皇后所生，自然也就是所谓嫡子了。其实，经历代学者考证，朱棣的生母不是马皇后，实际上他的生母是个贵妃，为此演义出许多的野史和传说。有人说贵妃是高丽人，也有人称她是元顺帝的妃子，抑或是高丽人而成了元顺帝妃子。还有人说，朱棣生母是蒙古人洪吉喇氏。洪吉喇氏是元顺帝的第三福晋，是太师洪吉喇特托克托的女儿。元顺帝败，朱元璋入大都见洪吉喇氏貌美，就留在身边。然而她入明宫时就已经怀孕，所生的就是明成祖朱棣，所以朱棣即元顺帝的遗腹子。其实这只是民间的传说而已。
明朝建立时，朱棣已是一个八九岁的儿童。那时全国仍很凋敝，满目疮痍。这一切都在朱棣的幼小心灵上留下了深深的印记。朱棣在宫廷中度过了他的青少年时期。
朱棣从他父皇那里接受的完全是封建正统教育。对此，朱元璋曾有一段明确的自白：朕于诸子常切谕之：一、举动戒其轻；二、言笑厌其妄；三、饮食教之节；四、服用教之俭。怨其不知民之饥寒也，尝使之少忍饥寒；怨其不知民之勤劳也，尝使之少服劳事。
可以看出，朱棣弟兄们不只是要学书本，而且平时一言一行都要合乎封建规范。这对一个天真烂漫的少年来说，并不是一件惬意的事。
他11岁的时候被封为燕王。洪武九年，朱棣已是17岁的英俊青年，他的父皇准备让他们到外地去当藩王了，感到有必要让皇子们体验一下民间的生活。就在这一年，朱棣兄弟们一起来到安徽凤阳老家，那时被称为“中都”这里埋葬着他们的祖父母，也是他们的父皇小时候为大户人们放牛放羊的地方。这里也是“十年倒有九年荒”的穷乡，老百姓的生活都很困苦。在这里，朱棣仿佛看到，他的父皇小时候是怎么样受苦受难，创业是多么的艰难。他在这里住了三四年，民间生活对他的思想意识产生了深刻的影响。朱棣是个有心人，“民间细事，无不究知”他当皇帝以后，还经常对儿子们说起他这段生活。认为自己能南北征战，不畏塞外风寒，就得益于这段经历。朱棣在凤阳的这段生活可看作是宫廷教育的实习阶段，他回去就要准备到外地去当藩王了。
朱棣的长兄朱标，即南京一带所习称的“大头太子”，在朱元璋称吴王时就被立为世子。洪武元年正月初四日，朱元璋大祭天地于南郊，在郊坛南边正式登极称帝。他连赠祖上四代，册封马氏为皇后，立朱标为皇太子。
在朱元璋看来，元朝之所以经常发生宫廷政变，主要原因就在于没有早立太子，因此他一称帝就要解决这个问题。他还看到当元末农民起义四处爆发的时候，元王朝在各地缺少强有力的藩卫。有鉴于此，洪武三年他就作了封藩的安排，即把各个小儿子封到各地当藩王。他为了不使天下人感到他私心太重，在封藩前还特意作了一番