历代医家对口疮多有论述，认为口疮病机全在于一个“火”字，而口腔溃疡虽病变部位局限，但发病与脏腑密切相关，病位主要在心、脾、肾三脏。
中医认为，复发性口腔溃疡常因火所致，火有虚实之分，由实火所致者属于实证，常见烦热口渴、口苦口臭、舌红苔黄、尿赤便结、脉滑数；虚火所致者属于虚火，常见失眠多梦、手足心热、口干咽燥、舌红少苔、腰膝酸软、脉细数。
目前，西医关于复发性口腔溃疡病因方面的研究主要集中在免疫、遗传因素、胃肠道疾病、细菌、病毒、基因、食物过敏等。复发性口腔溃疡具有明显的遗传倾向，约40%患者有口腔溃疡家族史，其发病机制可能和消化性溃疡相似，二者可能有着共同的致病菌即幽门螺杆菌。
常见病因有以下几类：机械性损伤：食物中的鱼骨、砂石等硬物，牙刷、牙齿表面沉积的牙结石等都可能损伤口腔黏膜。
化学性灼伤：在使用阿司匹林等镇痛口含片治疗牙痛以及使用硝酸银、碘酊等刺激性较强的药物时，都可能引起局部口腔黏膜损伤。
冷热刺激：因水温过高、食物过烫引起的黏膜灼伤，或者在口腔内进行低温治疗时因操作不当引起的黏膜冻伤。
此外，还有疾病伴发的口腔溃疡等。
治疗方法中医方法：双黄连口服液，总有效率为89.3%；涂紫草油于患处，每日1次，治愈好转率99%；用珠黄散口腔糊剂，总有效率为96.39%，平均起效时间为1.94±0.34天；蒲公英联合西地碘含片；西瓜霜；喉咽清口服液。
西医方法：用金喉健喷雾剂直接喷涂于溃疡面及周围发白区，每日4次以上总有效率89.08%；草珊瑚口腔膏治疗复发性口腔溃疡，有效率100%；复方果胶铋药膜治疗复发性口腔溃疡疗，有效率100%；在氦氖激光照射与药膜治疗复发性口腔溃疡的有效率为96.8%；维生素C研磨成粉，敷在患处；氯己定联合西地碘进行治疗；维生素联合云南白药治疗。
虽然在中医、西医临床均有多种治法，但目前尚无特效治疗药物。结合以上的叙述，可选用治疗效果确切的方法在临床推广使用。