由于家世的关系，黄宗羲很早就开始卷入晚明残酷的政治斗争之中，他是在血海深仇中成长起来的。中年时期，他又碰上了历史上最为动荡的一次改朝换代。种种内忧外患，让他的一生历尽劫难，在百折不挠、颠沛坎坷之后，终于成长为一代大师。
黄宗羲是浙江余姚人。他的父亲叫黄尊素，是晚明非常著名的政治家，曾担任过监察御史，这是一个监督百官、控制舆论的重要官职。在黄尊素为官的时候，朝政被以太监魏忠贤为首的阉党所控制，黄尊素则属于与阉党对立的东林党。
他很有智谋，是东林党中具备政治智慧的佼佼者，在东林党和阉党的斗争中，往往出谋划策，起到关键性的作用，因此被阉党记恨在心。1626年年初，黄尊素被诬告贪污，抓捕至京师，随后被拷打至死，年仅43岁。死后5天，他的尸体才被人从监狱中挪出，当时全身已经腐烂，以至于无法辨认，极其凄惨。
当时，17岁的黄宗羲一直在狱外等候。作为长子，他陪着父亲从家乡一路到京师。父亲的被杀，使得少年黄宗羲痛不欲生。他第一次认识到了政治的无耻与黑暗，内心充满了愤怒，一心想报仇雪恨。
两年后，新登基的崇祯皇帝清除了魏忠贤等阉党，开始为被害的东林党。黄宗羲闻讯后，立刻进京讼冤。血气方刚的他在袖子里藏着一根铁锥，看见仇人，便扑上去将他刺得遍体流血，以发泄自己的怨恨。报仇之后，又“狂哭”当时，仇恨使他整个人陷入了一种疯癫的状态。崇祯皇帝听到这件事情之后，感慨地说黄宗羲是“忠臣孤子”，特意下旨追封黄尊素为太仆寺卿。
在为父亲报仇雪恨之后，黄宗羲曾参加过科举考试，可惜没考中。不过，作为忠臣之后，他有着较高的知名度，很多名士也乐意提携他。黄宗羲先是加入晚明最大的政治社团复社，又遵照父亲的遗命，拜大儒刘宗周为师。年轻的黄宗羲在读书之余，不断结交各地读书人，扩大自己的影响。1636年，黄宗羲参加了复社与阉党余孽阮大铖之间的斗争。当然，这时候的黄宗羲资历比较浅，基本上都是跟在别人后面行动。
1644年，明朝灭亡，清军入主中原。对于35岁的黄宗羲来说，选择很简单——父亲黄尊素是大忠臣，作为忠臣之后，他义无反顾地和老师刘宗周一起加入在南京成立的南明朝廷。然而，掌握南明朝廷权力的是阮大铖，他在杀死了一些忠臣良将之后，又将屠刀伸向了黄宗羲。幸亏得到朋友的帮助，黄宗羲才得以逃离南京。
时局一天比一天动荡，江南的城市随着清军的入侵，一个个沦陷。彷徨的黄宗羲去绍兴探望被排挤出南明朝廷的老师刘宗周，看到的却是已经绝食20多天的消瘦老人。原来刘宗周眼见大明江山不保，而自己在朝廷中不能有所作为，最终选择了绝食殉国。黄宗羲看着老师，眼泪在眼眶里打转，却不敢放声大哭惊扰虚弱的老师。刘宗周当时已经不能说话，只对着黄宗羲点了点头。黄宗羲离开后没多久，刘宗周就过世了。对于黄宗羲而言，他生命中最为尊敬的父亲和老师，为了国家和江山社稷，都心甘情愿地付出了生命。他们成了黄宗羲心中的榜样和力量。
从老师家出来，黄宗羲马上回到家乡，和两个弟弟一起率领数百壮士，组成一支人称“世忠营”的队伍。当时明朝宗室鲁王在绍兴建立了小朝廷，黄宗羲前往投奔，积极抗清。在参加了数次战役之后，黄宗羲率领3000军士进行西征，不料清军开始大规模进攻绍兴，鲁王出海逃窜。
黄宗羲只好且战且退，率领部队逃到山中休整。安营扎寨之后，黄宗羲又亲自下山寻找鲁王的消息，临行前反复叮嘱手下大将不得骚扰山里的百姓。没想到黄宗羲走后，手下人却大肆抢粮，引起民变。山寨被山民半夜焚毁，导致全军覆灭。这给黄宗羲造成了巨大的打击。
4年后，黄宗羲终于在一个孤岛上找到了鲁王。大臣们每天生活和办公，都在小船之上，十分凄凉，据黄宗羲后来回忆，“落日狂涛，君臣相对”，然而为了抗清的理想，他甘之如饴，陪伴鲁王流亡在岛上。那年冬天，黄宗羲还冒着生命危险，渡海东赴日本长崎，乞求日本方面出兵帮助鲁王抗清。这当然是没有任何结果的。
从日本黯然返回中国之后，黄宗羲剃发归顺清朝，再也没有公开参加抗清的战役。他在日本到底碰上了什么事情，现在已经无法得知。
从此之后，黄宗羲只在力所能及的范围内，悄悄地营救抗清志士，也曾与钱谦益一起暗中策划军事活动。1659年，郑成功率领23万联军、8000艘战船，沿着长江北上，可惜功亏一篑，如此大规模的军事行动最终仍以失败告终。
这一年，黄宗羲50岁了，他觉得自己老了，再也没有精力抗清，决心隐居，为明朝痛定思痛，反思为何亡国亡天下等问题。他在著名的《明夷待访录》一书中激烈地批评了君主专制制度，反映了他在思想上取得的高度。
然而黄宗羲突然决定当一个遗民，却引起了很多人的不理解。当时有不少人是因为受到黄宗羲的影响，才参加抗清，不料黄宗羲自己却率先放弃抗清。由此也造成了兄弟、朋友之间的反目成仇。
好友吕留良也与黄宗羲绝交了。吕留良曾是一位很有前途的年轻人，因为受到黄宗羲的影响而放弃了清廷的科举。正当吕留良想在反清事业中大展拳脚的时候，黄宗羲却开始教育子弟参加科举。他因此大骂黄宗羲，两人最终分道扬镳。
在黄宗羲与吕留良产生矛盾的过程中，黄宗炎大肆推崇吕留良的气节，表达对哥哥的不满。这些事情，无疑让黄宗羲非常痛苦。自己的思想和行为不但得不到朋友的理解，甚至连手足兄弟也站在了自己的对立面。然而，这是一条自己选择的道路，尽管这是艰难的选择，也得继续走下去。
黄宗羲死于1695年，但早在1687年，他就开始安排自己的后事。他对后事的安排还引来了一场轩然大波。
人去世之后，一般都会穿上寿衣，放到木制棺材里下葬。黄宗羲却希望自己死后将头发散开，盖上一条单被，放在一个石头棺材里裸葬。
清朝入关后，老百姓都要扎辫子。散发表示不愿意再扎辫子，不再当清朝的老百姓。这是当时很多遗民的做法，倒也不稀奇。但尸体不穿寿衣，放在石棺里很容易因虫蚁啃噬而迅速腐烂，这种下葬的方法就大大违背了当时的风俗。黄宗羲的儿子黄百家非常为难，于是就请自己的族叔前去和黄宗羲商量，看能不能让他改变主意。
那么，黄宗羲为什么如此激烈地坚持自己的想法呢？当时就有很多人猜想，说黄宗羲一定有“心事”，也有人说这是黄宗羲“洒然超俗”的表现。
其实，黄宗羲之所以如此，是为了求得死后尸骨速朽。在黄宗羲心中，他的一生是失败的：在父亲被杀害的时候，他没能陪伴父亲一起对抗；在老师刘宗周绝食身亡的时候，他为了抗清匆匆离去；当朋友们在抗清的战役中殉国时，他依然苟活了下来。他虽然战斗过、抗争过，却没有死在沙场，而是活到80多岁的高龄。
他晚年的事业也不为世人理解，有何面目到地底下去见父亲、老师和朋友？亡国之恨，一直缠绕在他的心头，所以他要散发，不再绑辫子；所以他要裸葬，而不穿满族的异族寿衣；所以他要躺在石棺里，期待迅速腐烂。
在性格上，黄宗羲是一个比较激烈的人。他做事情往往急躁、爱较真儿。他之所以不被好友、亲人理解，很多事情不能处理得圆满，都和他的性格有关。
登天一阁明朝人范钦晚年用尽心力，建了一座藏书楼，内有书籍7万余卷，名之为“天一阁”
为防止藏书失散，范钦让整个家族看守，并订立了严格的族规：阁门和书橱钥匙由各房分别掌管，聚齐了钥匙，才能登阁；女子不能登阁；外姓人不能登阁。子孙们世代遵守。
1673年，黄宗羲向范钦的四世孙范光燮提出想拜访天一阁。范光燮钦佩其才学，挨个说服各房同意黄宗羲的请求。最终，黄宗羲成为登上天一阁的第一个外姓人。
晚年诈死康熙皇帝素闻黄宗羲之名，多次召他当官，都被回绝。为表心志，黄宗羲干脆在父亲的墓边自建墓穴，决心以死抗旨。
不久，康熙果然又召黄宗羲主持纂修明史。钦差鸣锣开道到了黄家，却只见黄宗羲的儿子黄百家披麻戴孝出来迎接，对钦差道：“家父前日已辞世。”钦差无法，只得回京复旨。
待钦差走后，黄宗羲便从墓穴中出来，专心著书立说，一直活到86岁。