在网络上以及一些学人那里，对陈寅恪最为推崇他的这样一句话，即做学问，要有“独立之精神，自由之思想”抽象地看，这句话没有问题。因为没有独立之精神和自由之思想，是做不好学问的，实际上也是做不成好学问的。
然而有人有意将这句话，与他当年对中科院郭沫若写信请他到北京工作，而陈寅恪的回信中竟有这样的内容，他要求他所主持的研究所不宗奉马列主义，并且不学习政治。他还说，不只是他一个人要这样做，而且全所的研究人员都不要这样做。这样的说法在当时可谓惊世骇俗，也会被人看作是冒天下之大不韪。所以在那之后，一直到他离世，几乎总是因为他坚持这样的观点而受到批判。
陈寅恪并不是一个分子。这一点从他在撤出大陆前，他的好友一直劝他离开大陆，或者去台湾，或者去香港，都被他拒绝了。而他的那些好友，一个傅斯年，跑到了台湾；一个胡适，跑到了美国。而他则坚持留在大陆。当然，留下来的主要原因是什么，我看到的资料里没有说。不过，我可以想象，一个以做学问为终身使命的学人，肯定会认为他的学问只能在大陆这里能做下去。到了海外，没有如此丰富的土壤，没有如此丰富的资料，那做学问只能成为一句空话。
他说不宗奉马列主义，不学习政治，主要是因为在他看来，这些因素对于做学问所必需的独立之精神，自由之思想是相悖的。他甚至也不是只针对马列主义。在民国时期，他对那时的也持有同样的态度。统治时期所宣扬，估计也要干预当时的某些学术研究。所以在陈寅恪看来，这个主义，那个主义，如果都硬要加在学术研究上，对于学术研究都是一种伤害。时期的是如此，陈寅恪也有可能认为新中国的马列主义也是如此。当然，这可能只是他的想象与假设。毕竟新中国在那时的历史还很短。所以他不想接受这种对学术研究的干预，或许是可以理解的。
我们也不应否认，在新中国成立后的五六十年代，对于如何用马列主义来指导我们的各项工作，包括指引我们的学术研究，我们当时还并不是特别清楚。所以某些硬性的，甚至有点粗糙的做法，在今天看来，并不合适。我们在学术研究上，不是做什么都一定要戴上一顶马列主义的帽子，以为这样做就是用马列主义来指导学术研究。其实，用马列主义来指导学术方面的研究，有两点很重要，一个是历史唯物论，一个是实事求是。
历史唯物论要求在研究学术过程中，要遵从历史发展的史实与规律，特别不是只从历史人物的主观愿望、目的和想象来出发，而要考虑社会物质生产方式在当时的状态，以及对人们在观念上的影响。而所谓实事求是，则是要求人们在研究中，一定要掌握大量的客观的史实，要掌握详尽的资料，不能从研究者自身的头脑出发，甚至是从想当然出发。这样做出来的一定不是真正有价值的学问。从陈寅恪自身对大量资料的掌握来看，他要做到这样的实事求是，不应该有太大的难度。如果说，他不喜欢把什么研究过程或者研究成果都一定要戴上一顶马列主义的帽子，他的这样做法并没有什么太大的问题。因为那种只顾简单戴帽子的做法，肯定是一种不扎实的、甚至是一种偷懒的做法，没有任何学术价值。
但是，作为一个历史的研究者，没有掌握历史唯物论，那么在他的研究中，是不是会受到历史唯心论的影响，这就不太好说了。如果没有自觉掌握历史唯物论，那么这样的研究者完全有可能在其学术研究中，有意无意地会受到历史唯心论的影响。这样的情况很难避免。当然事情也并不这么绝对。我们不能说，没有自觉掌握历史唯物论，就必须要受到历史唯心论的影响。可能有这样的一类学者，他们能够坚持从实事求是出发，从而会在一定程度上的无意中抵制与抗拒着历史唯心论的影响。不过，这样的情况可能太罕见了，一般人很难做到。
不过，马列主义对于一个学者来说，不仅仅只是一种理论，同时也更是一种立场的体现。鲁迅说，横眉冷对千夫指，俯首甘为孺子牛。对于剥削阶级的统治者、压迫者，就是要做到横眉冷对，而对于广大的人民，则不应再摆出一副傲慢的态度，而要老老实实、心甘情愿地做为人民服务和做事的孺子之牛。所以，在剥削阶级与广大劳动群众之间，不存在所谓绝对的中立状态，在五十年代所进行的对知识分子改造的运动中，应该说，当时取得的成效还是很大的，成果也是很显著的。但是，不容否认，在这种大规模的政治运动中，不可避免地会出现一些粗糙，甚至是粗暴的做法。同时某些偏激、过火的行为，也是可能出现的。这些存在的偏差，对于在知识分子改造运动中对一些知识分子也会带来一些伤害，也会使一些知识分子长时间来一直耿耿于怀。无论陈寅恪本人是否经历了这些动荡，至少从他的同事、亲友、学生那里，也听到过不少类似的事件。当然，这在他看来，都是对学术研究的一种损害。他肯定不能接受。
如果只是他一个人不接受马列主义，不接受政治学习，并没有什么大碍。但是如果他要求更多的知识分子，包括要他主持的研究所里，所有的研究人员都不能接受马列主义，不能接受政治学习，甚至再广而推之，更大范围内的知识分子都不想接受马列主义，不接受政治学习，那么这个知识分子的思想改造运动还怎么继续进行?这项工作还要不要进行?如果从此放弃掉这个重要的工作，那么我们的国家的发展要怎么办?我们的社会主义建设事业要怎么办?这些问题可能陈寅恪不会考虑，但是党和国家不可能不考虑这种情况泛滥的结果。
或许，在陈寅恪看来，他是要严守中立的，既不偏于这一边，也不偏于那一边。但在现实中，这种所谓中立是不可能存在的。有过去常说的话来说，你不倒向无产阶级这一边，就必然要到向资产阶级那一边。陈寅恪自己可以不信马列，可以不倒向无产阶级，我们可以尊重他的这个选择。但是他既然公开宣称不接受马列，那么资产阶级是不是就会认为，他们是有可能争取到陈寅恪，来为资产阶级所利用?这样的可能性绝对是存在的。这就是所谓不以人的意志为转移。陈寅恪的主观上不想倒向任何一边。但恰恰这种所谓坚守中立的宣言，则有可能让资产阶级对他加大力度，用尽全力把他拉到资产阶级那一边去。或许，陈寅恪没有主动站到资产阶级那一边，但今天的资产阶级们却在利用陈寅恪的这个口号，竭力证明陈寅恪是站在他们那一边的。
有人会认为，陈寅恪是有骨气的，骨头是很硬的。估计他自己也是这样来评价他自己的。但是他的硬骨头与鲁迅的硬骨头似乎还是有一点不同的。鲁迅是有着坚定立场的，是站在受苦受难的中国人民这一边的，是有着孺子牛精神的。而陈寅恪在这个方面就似乎没有这种非常清楚的表白。他似乎是在独往独来，也非常清高。但清高者，就必然会有做孺子牛的意识吗?这可能就真的未必了。当然，也许陈寅恪也是一个爱国者，可是他没有明确地表示出他的立场来，他到底有没有爱国主义的观念就无法让人能清楚地看到。
今天某些人仍然在大力推崇陈寅恪的所谓独立之精神，自由之思想的观念。在这种动作的背后，隐藏着他们什么样的打算呢?而且他们还总拿陈寅恪所说“不宗奉马列主义，不参加政治学习”作为对这句话的诠释，他们的阴险用心就是用来要、反马列的。不知道陈寅恪如果在世，会赞同这样的观念吗?