慈禧太后究竟为何要杀珍妃？有人说，这是因为光绪独宠珍妃，让皇后隆裕非常嫉妒，天天在慈禧太后面前说珍妃的坏话，结果慈禧太后一气之下将珍妃打入冷宫，后处死。
也有说，因为“戊戌政变”时珍妃站在光绪这一边，引起了慈禧太后的仇恨，结果被沉井里了。这两种说法哪种靠谱，抱歉，都不靠谱。珍妃被赐死的真正原因是她做了两件万万不该做的事情：卖官鬻爵和干预朝政。
珍妃靠卖官赚零花钱。清朝妃嫔们虽然能得到皇帝的赏赐，可晚清国库空虚，妃嫔获得了赏赐很少。珍妃在广州长大，这里作为晚清唯一对外交流窗口，珍妃在这里见惯了花花世界，可宫里的俸禄是一定的，于是想到了卖官鬻爵。
在珍妃所卖的官职中，最大的一个官职是上海道台，相当于今天的上海市长。更可笑的是，珍妃还把四川盐法道这个肥缺，卖给一个曾木器厂当职的人。这个职位非常重要，一次光绪子召见他时，竟然当着朝臣面称自己曾在木器厂当差。这一下子捅了马蜂窝，相当于把珍妃卖官行为公开了。
案发后，慈禧太后亲自讯问珍妃，“他事犹可宥，汝宁不知祖宗家法而黩货若此，谁实教之？”意思是说，其他事都可以原谅，卖官这件事违背祖制，谁教你的？珍妃也不甘示弱，当即反击道，“祖宗家法亦自有坏之在先者，妾何敢尔，此太后之教也。”这句话彻底惹怒了慈禧太后，“袒而杖之，降贵人，谪其兄志锐于边，愤犹未泄，后卒致之死。”珍妃干预朝政。关于这一点，《清史稿》记载寥寥无几。有一点是肯定的，光绪被囚禁时，珍妃给他出了很多主意。尤其是“戊戌变法”时，珍妃更是主意不断，这引起了慈禧太后的憎恨，为她埋下了杀身之祸。
1900年8月，随着八国联军逼近紫禁城，慈禧太后准备西逃。带哪些人一起西逃，慈禧太后想到了珍妃。据说，慈禧太后并没有因人多而放弃珍妃，而是珍妃在跟慈禧太后交谈时，两人再次爆发冲突，结果才被沉入井中。