清同治帝的死一直是一个谜团，公元1874年，同治十三年十月二十日，同治帝患病，多日不上课，有人传说同治帝患了天花，也有人说其实不是天花，而是同治帝得了00，也就是花柳病，还有人说是疥疮或是00加天花。
同治帝之死。
天花与花柳病虽然只有一字之差，但是有着本质的区别。
有野史记载，同治帝十分喜欢崇绮的女儿，也就是孝哲皇后。但是慈禧太后却从中作梗，使得两人不能在一起，而且慈禧还强行让同治帝取了凤秀将军的女儿，所以同治帝后来在宫中感觉不到快乐，开始流连于民间的风月场所。
在《清朝野史大观》中还有记载，同治帝与长得“丰美仪”的王庆祺发生了不该发生的故事。
同治帝专门还在城里找风月女子行乐，等到身染性病时还没有察觉，后来，脸上开始出现症状，这才找太医前来诊治。但是太医却没有人敢说是性病，只能当天花来治。
对于同治帝到底得了什么病，有两种说法。
1。同治帝得的是花柳病，但是太医不敢说，后来就请示慈溪，慈溪也知道同治帝患了花柳病，但是她故意装作不知道，慈溪太后也想干政，于是就当天花来治了，结果，同治帝19岁就死了，所以就有了慈溪谋害同治帝之说。
现在，民间流传大多认为同治帝还是死于花柳，之所以一直没有治好，也是慈溪想要干政，所以借机害死了同治帝。
这种说法认同的人比较多，主要是同治帝自己经常出宫去风月场所，而且同治还搞同性恋。
同治帝病后，慈溪就迫不及待的再次垂帘听政。
同治帝知道以后，十分的悲哀，亲生母亲好像只关心国家大事，对于他这个儿子生病却不怎么关心。同治帝的病也有一段时间有见好的迹象，但是，到了十一月十九日时，同治帝的病情突然恶化，六天以后，全身都出现了脓包，十二月初五，同治帝病故。
慈溪在同治帝死后，急召惇亲王等人召开御前最高国务会议，立载湉为咸丰帝，这是由于血统最近，同时载湉年纪小，比较容易控制，慈溪最后仍然是皇太后，最高皇权也被慈溪掌握在了手中。