于是唐太宗“法外开恩”释放了侯君集，但是赏赐是一点也没给。李世民落下了个宽宏大量的美名，原本对侯君集战功和可能得到的赏赐羡慕嫉妒恨的朝中大佬也出了一口恶气——看你侯君集还有啥脸在我们面前耀武扬威？但是侯君集却差点气破肚皮，于是跟刚刚受到处分的郧国公张亮发牢骚：“你想造反不？你要是造反，我跟你一起造反。”结果张亮跑去向李世民告密，被李世民几句话怼了回去：“你和侯君集都是有功之臣，侯君集跟你说要造反，这话没有第三个人听见，没法调查，还是算了吧。”怼完张亮，李世民对侯君集还是信任如故，在绘图凌烟阁的时候，还把侯君集放在了第十七位。
史料中“有据可查”的“侯君集罪证”，不过是侯君集跟太子李承乾走得很近，还举着自己的手对李承乾说：“我这双手，是要为你出力的。”这话其实也没啥大毛病，毕竟太子就是储君，将军之手不就是为储君拿刀的吗？侯君集的另一“罪证”，就是他曾经派一个叫楚石的手下向李承乾示警：“现在皇上宠信魏王李泰，所以你加点小心，往后皇上找见你的时候，你别轻易就去。”但是又被楚石向李世民揭发。
其实楚石的揭发，又是一件无法核实的事情，因为这件事本身就有两个地方有漏洞：其一、侯君集可以随便出入太子府，为什么要派靠不住的楚石传话？其二、侯君集嘱咐李承乾的话本身就是废话——皇帝老子召见，太子咋能不去？太子见老子，还能怎么小心？想当年长孙无忌见唐太宗忘了结下腰间佩刀，还差点连累宫门侍卫掉了脑袋。
史料众口一词地说“侯君集参与了太子承乾谋反”，这就让我们看出问题来了：原来不是侯君集自己造反要当皇帝，而是站错了队，站在了失败者李承乾一方。但是李承乾谋反了吗？他不过就是想干掉对自己有威胁的魏王李泰而已，这种事情他老子李世民也干过，只不过不同的是秦王李世民干掉了太子李建成，而太子李承乾没干过魏王李泰而已。
“谋反”的主谋李承乾被流放，而“从犯”侯君集却被押上了刑场。在判处侯君集死刑前，李世民也曾有过犹豫，并且亲自向大臣求情：“我将乞其性命，公卿其许我乎？”这时候李世民的口气已经几近哀求了，但是大臣们必欲置侯君集于死地而后快，“群臣争进”，也就是大家都撸胳膊挽袖子口沫横飞，非要杀掉侯君集不可：“君集之罪，天地所不容，请诛之以明大法。”这时候我们就要分析一下为什么一向不肯参与皇室纷争的大臣为什么群情激昂了：太子李承乾与魏王李泰打成一窝猪，最大的受益者是晋王李治，虽然跟李承乾李泰都是长孙皇后嫡子，但是舅舅长孙无忌最喜欢的就是老实巴交看来很好掌控的李治。