在明清时期，地方行政系统中的总督和巡抚制度构成了一个复杂的体系，而其中清朝的制度更是日益完善。总督作为地方的军政大员，负责统筹辖区内的军务和地方安全等重要事务，而巡抚则掌管行政大权，负责管理一省的事务。然而，总督和巡抚之间的权力关系却并不简单，他们并非上下级关系，而是相互制衡的关系。在总督制度中，有一位地位显赫的职位——两江总督，其管辖范围涵盖江苏、安徽、江西三省，负有重要责任。
然而，总督和巡抚之间的权力分配并非一成不变。在地方行政架构中，巡抚在一些情况下可以自主决策，尤其是涉及行政事务。总督则更专注于军事和地方安全，扮演着监督的角色。虽然总督管辖范围较广，但实际权力却相对有限，因为在相对和平的时期，总督的活动相对较少，而在出现问题时才会被召唤。这使得一些巡抚在一些领域内能够独立作主。
近年来，出现了督抚同城的现象，即总督和巡抚在同一城市驻扎。
这种情况下，总督往往会掌握巡抚的权力，形成了一种权力斗争的格局。但是，并非所有省份的巡抚都会受到总督的制约，一些巡抚仍然拥有较大的权力和宽松度。
总督和巡抚之间的权力关系也有历史的渊源。
清朝早期，总督职位主要由满人担任，巡抚则以汉人为主，这种安排旨在维持满人的统治地位。总督的主要任务是监督巡抚，防止汉人造反，因此赋予了他们军事权力。随着时代的变迁，总督的角色逐渐扩展到经济领域，特别是在清朝末期，一些总督开始涉足经济管理，增加了他们的权力。
在总督和巡抚的权力斗争中，皇帝起着决定性的作用。虽然总督和巡抚都可以向皇帝弹劾对方，但最终的决策权掌握在皇帝手中。