金圣叹认为《庄子》、《离骚》、《史记》、《杜诗》、《水浒》、《西厢》是“六才子书”，打算对这些书逐一做批注，但仅完成后二种，《杜诗解》没有完成未成而罹难。据记载，金人瑞金圣叹在临刑前泰然自若，他还向监斩官索酒，酣然畅饮，边酌边说：“割头，痛事也；饮酒，快事也；割头而先饮酒，痛快痛快！”金圣叹之死，其实和清初的民族矛盾紧密相关，由此引发的“哭庙案”和“奏销案”，并和“通海案”一起，称为“清代江南三大案”，也是清初著名的大案，江南知识份子为之一空。
金圣叹他们与“通海案”被抓的士人一起，于七月十三日立秋，在南京三山街执刑死刑。《辛丑纪闻》记载:“至辰刻，狱卒于狱中取出罪人，反接，背插招旌，口塞栗木，挟走如飞。亲人观者稍近，则披甲者枪柄刀背乱打。俄尔炮声一震，一百二十一人皆毙死。披甲者乱驰，群官皆散。法场之上，惟血腥触鼻，身首异处而已。”“哭庙案”的起源是这样的。
平定江南后，清廷下令废除江南地区旧明的沉重苛捐杂税，“一时人心，翕然向风”，此后又“裁不急之征，减可缓之税，节可缓之用”，负担大为减轻。不过，到了顺治末年，地方税收的拖欠又开始增多，“旧赋未清，新饷已近，积逋常数十万。时司农告匮，始十年并征，民力已竭，而逋欠如故”，官员常因奏销不合格而被罢免。
江宁巡抚朱国治感到江苏积欠过多，无法向中央交待，便提出严惩拖欠的地方绅士。他首先在常州府的无锡县和苏州府的嘉定县进行试点，出台这样的规定：凡绅衿拖欠八九分者，革去功名，枷号两个月，杖责四十大板，仍追未完钱粮，以下依次递减，拖欠三四分以下，亦杖责二十板，革去功名，这引起了江南地方士绅的强烈不满。
哭庙案的发生，使得清廷将原本限于嘉定、无锡的做法推广到整个苏州、松江、常州和镇江府地区，统一要求“陈明钱粮拖欠之由补入年终奏销之例”《东华录》也记载，户部要求各地：“钱粮系军国急需，经管大小各官须加意督催，按期完解，乃为称职。近览章奏，见直隶各省钱粮，拖欠甚多，完解甚少。或系前官积逋，贻累后官；或系官役侵那，借口民欠。向来拖欠钱粮，有司则参罚停升，知府以上，虽有拖欠钱粮未完，仍得升转，以致上官不肯尽力督催，有司怠于征比，枝梧推诿，完解愆期。今后经管钱粮各官，不论大小，凡有拖欠参罚，俱一体停其升转，必待钱粮完解无欠，方许题请开复升转。尔等即会同各部寺酌立年限，勒令完解。如限内拖欠钱粮不完，或应革职，或应降级处分，确议具奏。如将经管钱粮未完之官升转者，拖欠官并该部俱治以作弊之罪。”经朱国治清查，最后上报乡绅2171人，生员人，均在降革名册。地方官乘机上下其手，交不足钱粮的人家只有求助于高利贷，“每月利息加二加三，稍迟一日，则利上又复起利”，“赋税之惨，未有甚于此时者也”
康熙亲政后，兵部尚书龚鼎孳奏称：“三吴财赋最重，故明三百年来从不能完之地，而年来俱报全完，虽惕息于功令，不敢不勉力输将，然该抚朝夜拮据及地方剜肉医疮之状，可以想见。”直至康熙十四年，因三藩叛乱，战事频仍，在军饷缺乏的情况下，朝廷才同意：“顺治十七年奏销一案，凡绅衿无别案被黜者，分别纳银，许其开复，原系职官，照品级纳银，自六千两起至五百两止，进士纳银一千五百两，举人纳银八百两，贡、监生纳银二百两，生员纳银一百二十两，俱准开复。若运米豆、草束于秦、楚、闽、粤危疆输纳者，减本省之半。”顺治末年，一连串发生的“丁酉科场案”、“通海案”、“江南奏销案”、“哭庙案”、“庄廷鑨明史案”，都是清人入关实行“异族统治”必然的结果，所谓“朝廷有意与世家有力者为难，以威劫江南人”