在古代的时候，顺治之死便成为当时最大的谜案，关于死因官方并未公布具体细节，由此引发民间广泛猜想。最为人们熟知的死因便是天花之说，但这并不是最早的说法。在清朝时期，民间史料记载，顺治并非死去，而是选择剃度为僧，最后，于五台山圆寂，此种说法为野史流传，真实性不得而知。
在他看来，“郑成功炮毙顺治”一说虽然不具备可信度，但是，关于这个传言背后的历史，还是有必要进一步研究的。像这种传世的手抄本，很少会空穴来风，既然有人记载到这段历史，那么，应该在当时确实有什么大人物身陨厦门，只是不可能是顺治而已。
何丙仲曾经在厦门担任过郑成功纪念馆的副馆长，对于郑成功生平可谓是非常熟悉。对于民间传言“郑成功炮毙顺治”，他给出了有力的澄清论证：“顺治一生都未进行过亲征，更没有到过厦门，因此，顺治于厦门被郑成功杀死完全是杜撰而来。”顺治在中国历史上具有重要意义，他是清朝入关后的第一位皇帝。顺治执政时，一直视沿海地区的郑成功军队为心腹大患，向来想要除之后快。早期，清朝想要招安，让郑成功安心交出兵权，遭到郑成功多次拒绝。
遭遇接连碰壁后，顺治帝索性放弃招安政策，直接下令出兵征伐，势要歼灭郑成功军队。何丙仲从此处历史背景入手，调查当时清军具体征伐厦门的细节。
且在征伐厦门中，许多清朝贵族都是亲自上阵，也有相当不少急于立功的皇室成员。其中，比较知名的便有努尔哈赤的侄子务达海，三等侍卫署甲喇额真和托、觉罗拜山之子莫洛浑、皇太极十六大臣之一的萨弼翰之孙哈尔弼等，通过这一系列头衔，便觉得此次出征规格是前所未有。
在当时，情报行业并不先进的时候，对方将士易将这边的高级将领当成顺治皇帝，如若有皇室成员被炮轰而死，容易被误认为是顺治，这才有了后世所传的“郑成功炮毙顺治”
汤若望一直没有忘记自己的职责，那便是将顺治转变成徒，到时，中国便会成为信奉的国度。然而，顺治表现兴趣不大，仍旧爱好女色、沉于迷信。公元1658年，受太监与僧人的影响，顺治与汤若望关系逐渐疏远。公元1660年，顺治最为宠爱的董鄂妃因病去世，为此，他悲痛多日。根据汤若望的记载：当时顺治已经患有肺结核病，身体虚弱。
中国第一历史档案馆中保存了册立董鄂妃为皇贵妃的《诏书》。按常规，皇帝只有在册立皇后的大礼上，才会颁布诏书公告天下。董鄂妃享受到这种特殊礼遇，表明她得到了顺治不同寻常的宠爱。
但却偏偏在此时遇上董鄂妃逝世，连续多日悲痛，再加上葬礼折腾，顺治身体每况愈下。在董鄂妃下葬四个月后，苟延残喘的顺治帝又感染天花，自此，身体再也无法力撑，于三日后驾崩。所以，根据何丙仲以上研究，历史上的顺治皇帝，确实死于感染天花。
其实，所谓的《顺治遗诏》：实为顺治帝的“罪己诏”，主要起草者是礼部侍郎兼翰林院掌院学士王熙。共罗列了十四条自己的罪过，主要是未能遵守祖制，渐染汉俗，宠汉抑满等。