“剃掉日式胡子、戴上副没边眼睛，有几分书卷气，他和他的老哥鲁迅一样，那黑黑的两道浓眉以及一副横肉面庞上凸起的巨鼻，怎么说也少却那眉清目秀、体态清瘦的江南特有的书生味。”审判当日，公诉书罗列的周作人罪状包括：任伪职期间，遵照日本侵略计划实施奴化教育，编修伪教科书；协助敌人调查研究华北资源，便利其开掘矿产，搜集物资，以供其军需；参拜靖国神社；鼓吹“以建设东亚新秩序为目标”，为日本侵略涂脂抹粉服务，发行有利敌伪宣传报纸等等。
周作人对这些指控不服，他聘请了律师，甚至还亲自答辩。
审判一开始，周作人就申明：自己出任伪职是有苦衷的。他列举的苦衷包括：日军占领北平后，他处境恶劣，生活困难。他还特地讲到了元旦遇刺，说自己虽毫发未损，却感觉自己“生命受到威胁”
周作人当时并不知道：他当日遇刺，并不是日本人干的，而是抗日杀奸团所为。他们就是看不惯他做汉奸，才动的手。
周作人遇刺后所摄当被问到全面抗战开始后，他为何不走时，他说：“原以为卢沟桥事变不过是中日在华北的又一次地方冲突事件，不久即可解决，因此才留在北平没走。”周作人还说：“我并非真心留在北平投敌，而是想维持教育，抵制奴化，减轻占领军造成的伤害。”这话的言外之意是：他不仅没卖国，还在救国。
然而，事实胜于雄辩。因证据确凿，周作人于11月16日，被首都高等法院以“周作人共同通谋敌国、图谋反抗本国处有期徒刑14年”
当年，周作人年62岁。
12月，因对审判不服，周作人申请复判。在申请书中，他竟提出了一个非常“新颖”的辩白，他说：自己在努力将“儒家思想”纳入“圈”，以同化日本人。
为了佐证自己这一奇葩的观点，周作人还说：周作人在审判现场周作人多少是幸运的，因为国府垮台前，只将被判无期徒刑以上的汉奸押往上海集中，其他仍留在上海，他最终仅仅坐了四年牢，就重获自由了。
而在狱中时，周作人的生活也过得平静而有规律。龚选舞在《1949国府垮台前夕》一书里，曾这样讲述他的狱中生活：“每天早晨六时起床，洗刷后再押回囚室。此后，上午八时及下午四时打进早晚两餐，每餐一饭一汤，不算很好，但餐后半小时的‘放风’，却大可出门舒展筋骨。”因为在狱中很闲，周作人除了饮苦茶、读古书，写了一些古诗外，偶尔还写些条幅，给狱内外人士。
1949年1月26日，周作人出狱。出狱后，他先是坐火车到学生尤炳圻在上海的家暂住。之后不久，他便和妻子羽太信子及全家一起定居北京了。
周作人与羽太信子新中国成立后，周作人开始忧心自己的未来了。思来想去后，他提笔给周恩来总理写了一封长达六千多字的长信。信中，他对自己的行为做了一些检讨，也再次为自己进行了辩白。
“那时先母尚在，舍弟的妻子四人，我的女儿和她的子女三人，都在我家里，加上自己的家人共十四口，我想自己如跑到后方去，在那里教几年书，也总是空话，不如在沦陷中替学校或学生做得一点一滴的事，倒是实在的。”让周作人略感欣慰的是：他的妻子羽太信子加入中国国籍的申请，于1955年得到了批准。
周作人提出的“不要没收他的房屋”的请求，也未得到支持。周作人的“房屋”，正是鲁迅于1919年购置的、位于八道湾11号的一个四合院。
这个房子房主本是鲁迅的名字，购房时，资金为鲁迅个人和卖掉绍兴老宅而来。因当时兄弟三人感情尚好，鲁迅请了几位乡亲朋友为证人，订了一份契约，内容是：“八道湾产业，分拆为四份，三兄弟各占一份，母亲鲁瑞一份。”可后来，两兄弟闹了矛盾，鲁迅愤而搬出八道湾后，周作人一不做二不休，将八道湾的房子占为了己有，后来的房产证上也换成了“周作人”的名字。
周作人被定为汉奸罪后，八道湾11号因被认为是“周作人”的个人房产，而遭到没收。新中国成立后，它被收归国有。
最终，周作人得以继续住在八道湾，只是，此时的八道湾还另住了一些居民，它在实质上已不完全是周作人一人的房产了。可以说，到最后，本不属于周作人所有的八道湾，终究没能完全属于他。
无奈，这样的自白无法向群众交代，他的作品公开发表时，只好用“周启明”的名字。直到1988年出版《枕草子》和1989年出版《浮世澡堂·浮世理发馆》时，才印上了“周作人译”的字样。
这种种，多少让周作人心里觉得憋屈。同样让周作人心里不舒畅的，还有他晚年和妻子羽太信子的夫妻感情。
都说“贫贱夫妻百事哀”，周作人与羽太信子也未能免俗，晚年时，因为周作人的经济状况大不如前，大手大脚惯了的信子常有怨言，两人之间也争吵不断。
羽太信子疑心重，老年时，她也常常因猜疑而大发脾气，用今天的话说，她得的是“癔症”周作人晚年的日记，常有记载羽太信子发病的相关，如“又易作”，“又狂易大作”每每此时，周作人都表示：“甚感不快”，“又以不快止”，“不快殊甚”
1951年5月1日，周作人日记记载道：“信子为丰一夫妇移居事发病，特请东邻梁大夫来诊”由此看，羽太信子病得不轻，只要受到刺激，她就会发病。
信子的病，让周作人烦不胜烦，他曾在日记中写下了：“真不知好歹”，“虽是病态，然破坏所有感情，不惜破釜沉舟，真‘恶魔’也”云云，以发泄他对羽太信子发癔症的不满。
年轻时的周作人与羽太信子等合影1960年7月1日，周作人就曾在日记中这样描写羽太信子，他说：“拟工作因不快而止，她似病又发作也。”也正是在这期间，周作人日记里记录的信子“易作”开始频繁，周作人不堪其扰，“不快”日甚。以下是部分摘录：“7月26日，下午又复不快，无故生气有似病发，又不得工作矣、前得和解才有12日耳，殆亦业也……四时后仍如谵如呓，不可理喻。7月28日，时雨时霁，仍又不快。7月29日，下午又复不快……但苦不能耳根清静，得以自迁，待死耳。11月13日，上午大不快，似狂癔发。11月15日，上午大不快，似狂易发。”根据周作人的日记记载，自1960年开始，羽太信子的“发作”次数和频率，始终有增无减。周作人与羽太信子仅有的一些感情，也被消磨殆尽了。
好在，周作人非常善于自我安慰，在她发怒、昏呓时，他曾开导自己道:“临老老吵架，俾死后免得相念，大是好事。”1962年4月6日，信子被送入医院，周作人未前往，但他却得知：身为日本人的她，病重时，说的不是日本话，居然是绍兴话。这件事让他大受感动，晚间，他在日记里写道：“灯下独坐，送往医院的人们尚未回来，不无寂寞之感。五十余年的情感，尚未为恶詈所消灭，念之不觉可怜可叹，时正八时也，书此志感。”羽太信子送医院一天后离世，自此，周作人便一直孤身一人。没有伴儿的日子，周作人虽感寂寞，却也觉得“精神上少了一重负担，可以安心地工作了”
晚年的周作人一直未与鲁迅遗孀许广平和鲁迅之子周海婴往来，即便同在北京，他们亦是如此。
周海婴周海婴后来在《鲁迅与我七十年》里，特地用了一个章节讲述了兄弟失和后，周作人侵吞八道湾房产的具体。他还说：“父亲去世仅几个月，尸骨未寒，周作人竟私自换写了一份契约，将户主姓名变成了他自己，还找了几个‘中人’签了字。而这一切，在上海的建人叔叔和我母亲都毫无所知。可见周作人将此事干得何等隐秘！”周海婴在书里，称呼同为鲁迅弟弟的周建人为“建人叔叔”，而提及周作人时，则坚持直呼其名。可见，他对周作人的芥蒂之深。
周作人更改八道湾产权的“议约”周海婴始终不能理解周作人：他既已侵吞八道湾房产，并将多余的房子租出去了，为何不肯给祖母鲁瑞和鲁迅原配朱安赡养费呢？在周海婴看来，房子出租所得，理应拿来补贴她们。
1938年1月开始，周作人才承担了母亲每月50元的生活费，即便后来物价飞涨，他给母亲的生活费也一直未增加。如此一来，鲁瑞的生活便非常拮据了。
后来的周海婴在提及此事时，愤恨地道：相比只活了56岁的鲁迅，周作人是长寿的，他活到了耄耋之年。可他却在日记里说“寿多则辱”，可见，晚年的他，生活非常不如意。
八十大寿时，他为自己写下遗嘱道：1967年5月6日，82岁的周作人凄然离世。他死后，外界竟未有一丝丝反应。鲁迅、周作人的研究者钱理群在讲述周作人死时的情景时说：“除了家人，没有人向他告别”
周作人摄于80岁而这个前来告别的“家人”里，不包括他的侄子、鲁迅之子周海婴。根据史料记载，周海婴实际收到了周作人的葬礼邀请，但他拒绝前往。
1996年，即周作人辞世的第30年，《光明日报》刊登了八道湾胡同随着东冠英胡同小区的开发将被拆毁的报道。消息一出，旋即在社会上引起了一片议论之声。无数人呼吁开发商“手下留房”，理由是：八道湾是鲁迅的故居。
周海婴得知消息后，第一时间和家人进行了商议，他们的最终意见是：一致同意不保留八道湾11号院。周海婴后来甚至说：“要说北京的鲁迅故居，西三条才是。因为这是他用自己的钱独立购买的，并且也是居住过的。保护八道湾实际等于保护周作人的‘苦雨斋’。那么，汉奸的旧居难道是值得国家保护的吗？”周海婴的建议得到了支持，最终八道湾未被保留。周作人大概想不到，自己过世30年后，侄子竟会以他是“汉奸”为由，助力开发商拆毁其故居。如此一来，周作人在世间便也再未有故居了。
若周作人九泉之下知晓这一切，不知他会作何感想！不得不说，世间的很多事，皆是因果循环。