玄奘晚年时期居住的玉华宫肃成院遗址永徽六年(650年)五月，玄奘译场的助译僧栖玄法师，与尚药奉御吕才为少年时的旧友。玄奘译出《因明入正理论》、《因明正理门论》，栖玄以其义趣幽隐，抄写一本，送给吕才阅读，并附信说：“此论极难，探究玄妙，比有聪明博识，听之多不能解。今若复能通之，可谓内外俱悉矣。”此位栖玄法师，贞观十九年(645年)五月被征召为玄奘译场证义大德，当时隶属长安普光寺。吕才仔细披阅二论，反复推研，自认“依极成而探深义，凭比量而求微旨，反复再三，薄识宗趣”
近闻尚药吕奉御，以常人之资，窃众师之说，造《因明图》，释宗因义，不能精悟，好起异端，苟觅声誉，妄为穿凿，排众德之正说，任我慢之偏心，媒衒公卿之前，嚣喧闾巷之侧，不惭颜厚，靡倦神劳，再历炎凉，情犹未已。然奉御于俗事少闲，遂谓真宗可了，何异鼷鼠见釜灶之堪陟，乃言昆阆之非难，蛛蝥覩棘林之易罗?亦谓扶桑之可网，不量涯分，何殊此焉?
慧立的反驳主要是从信仰者的激奋出发的，理论上的反驳力度不够。因为朝廷的压力，吕才暂时搁笔。
玄奘法师西行取经路过的莫贺延碛大沙漠尚药吕奉御入空有之门，驰正见之路，闻持拟于昔贤，洞微侔于往哲。其词辩，其义明，其德真，其行著，已沐八解之流，又悟七觉之分，影响成教。若净名之诣庵园，闻道必求，犹波仑之归无竭，意在弘宣佛教，立破因明之疏。若其是也，必须然其所长。如其非也，理合指其所短。今见僧徒云集，并是采石他山。朝野俱闻，吕君请益，莫不侧听，泻瓶皆望，荡涤掉悔之源，销屏疑忿之聚。
柳宣认为，僧人对吕才的抨击没有做到以理服人，不能平息疑问。
有太史令李淳风者，闻而进曰：仆心怀正路，行属归依，以实慧为大觉，玄躯无为，是调御法体。然皎日丽天，寔助上玄运用，贤僧阐法，实裨天师妙道，是所信受，是所安心，但不敢以黄叶为金山，鸡成凤，南郭滥吹，淄渑混流耳。或有异议，岂仆心哉?岂仆心哉?
然鹤林已后，岁将二千，正法既遥，末法初践，玄理欝而不彰，觉道寖将湮落。玄奘法师，头陀法界，远达迦维，目击道树金河，仍覩七处八会，毗城鹫岭，身入彼邦，娑罗宝阶，仍验虚实。至如历览王舍檀特恒河，如斯等辈未易具言也。加之西域名僧莫不面论般若，东国疑义悉皆质之。彼师毗尼之藏，既奉持而不舍;毗昙明义，亦洞观而为常。苏妬路既得之于