支付账户最初是由支付机构为了方便客户网上支付的同时，解决电子商务交易中买卖双方信任度不高而为其开立的，支付账户与银行账户有明显的不同。
一是提供账户服务的主体不同。支付账户由支付机构为客户开立，主要用于电子商务交易的收付款结算。银行账户由银行业金融机构为客户开立，账户资金除了用于支付结算外，还具有保值、增值等目的。
二是账户资金余额的性质和保障机制不同。支付账户余额的本质是预付价值，类似预付费卡中的余额，该余额资金虽然所有权归属客户，却未以客户本人名义存放在银行，而是支付机构以其自身名义存放在银行，并实际由支付机构支配与控制。同时，该余额仅代表支付机构的企业信用，法律保障机制上远低于法、商业银行法保障下的央行货币与商业银行货币，也不受存款保险条例保护。一旦支付机构出现经营风险或信用风险，将可能导致支付账户余额无法使用，不能回提为银行存款，使客户遭受财产损失。
因此，央行《非银行支付机构网络支付业务管理办法》规定，支付机构应当在客户清晰理解支付账户余额性质和相关风险的前提下，由客户本着“自愿开立、自担风险”的原则申请开立支付账户。国家按照统筹科学把握鼓励创新、方便群众和金融安全的原则，结合支付机构网络支付业务发展实际，由央行确立了坚持支付账户实名制、平衡支付业务安全与效率、保护消费者权益和推动支付创新的监管思路。